Erstmals erwähnt wird der Ort 1266 im Zusammenhang mit einer Stiftung an das Kloster Gnadental, das später weitere Güter erwerben konnte. Durch die Auflösung des Klosters 1556 kamen diese Anteile an die Grafen von Hohenlohe, später an die Linie Hohenlohe-Waldenburg. Die Hohe Obrigkeit beanspruchte die Reichsstadt Hall, die im 15./16. Jahrhundert umfangreiche Besitzungen in Gailenkirchen erworben hatte.  Im Teilort Gottwollshausen teilte sich der Haller Rat die Herrschaftsrechte mit dem Johanniterorden, in Wackershofen mit Hohenlohe und Comburg. Ein Zweig der Haller Stadtadelsfamilie Egen benannte sich seit 1296 "von Gailenkirchen". Ob es einen Bezug zu den nordwestlich des Orts gelegenen Resten einer Burg gibt, ist unbekannt. Für die Existenz einer Burg innerhalb Gailenkirchens, wie sie in alten Chroniken vermutet wird, gibt es keine Anhaltspunkte. Die Kirche ist erstmals 1285/86 erwähnt, könnte aber wesentlich älter sein. Während des Bauernkriegs 1525 trieb ein Haller Aufgebot in der Nähe des Teilorts Gottwollshausen ein Bauernheer in einem unblutigen Gefecht auseinander. 1802 fielen die Haller Besitzungen, 1806 der Hohenloher Anteil an Württemberg. Auch Gailenkirchen erlitt 1945 erhebliche Kriegsschäden. Im Zuge der Gemeindereform wurde der Ort, zu dem Gottwollshausen und Wackershofen sowie die Weiler Frühlingsberg, Gliemenhof, Neuhofen und Sülz gehören, nach Schwäbisch Hall eingemeindet.